Es un grupo parafilético de organismos eucariotas.
Poseen un nivel de organización celular independiente, son principalmente unicelulares, aunque hay algunos pocos coloniales o plasmodiales. Su nutrición es heterótrofa en la mayoría.
Reune taxones ampliamente diversos, por lo que no poseen casi características en común.
- Protozoos flagelados:
Euglenoidea
Dinoflagellidea
Choanoflagellidea
Kinetoplastidea
Trichomonadidea
Hypermastigidea
Opalinidea
- Protozoos ameboides:
Rhizopoda
Radiolarea
Acantharea
Heliozoea
- Protozoos productores de esporas
Apicomplexa
Microspora
Mixozoa
- Protozoos ciliados
Ciliophora